东台市水务局内设 5 个职能科（室），均为股级。
   （一）办公室
       协助局领导组织、协调、督促局机关政务工作；负责会务、文秘、信息、信访、保密、保卫和接待、后勤、档案等工作；负责局机关和直属单位人事编制、工资福利、考核奖惩、宣教培训、职称评定和老干部服务工作；负责局机关公务员和局系统及各镇水务站的队伍建设。

   （二）财务审计科（经济管理科）
       负责系统内水务资金的筹措、调度和行政、经营性资金的管理；负责水务规费征收使用；负责工程核算和系统内财务管理；负责局直属单位和镇水务站财务工作的指导和审计；管理监督全市水务国有资产。

   （三）水政水资源科（市节约用水办公室）
       负责全市水资源统一管理、开发、保护和监督；拟定全市水资源开发利用规划、水供求计划及水量分配方案；组织实施取水许可制度；负责水资源费、水费等规费的征收管理；负责全市城乡计划用水、节约用水、污水处理和地下水回灌等管理；负责全市地表水、地下水水质的监测，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；组织水功能区的划分，会同有关部门做好在水利工程范围内设置排污口的审批工作；发布水资源公报、水质监测简报；负责水政监察、水行政执法和水行政诉讼、应诉。

   （四）水务建设科（水工程招投标办公室）
       拟定全市水务发展战略、水工程建设（含农村水利建设）中长期规划、年度计划和重点工程建设计划；负责全市水工程基本建设的行业管理，编制全市水工程项目的建议书和可行性研究报告；负责水工程项目立项的技术审查、申报与审批；组织实施全市水工程基本建设重点工程项目，负责全市水工程质量监督、建设监理和工程验收；归口管理水工程招投标工作；指导全市机电排灌和农村水利发展、节水灌溉工作，负责全市水务建设综合设计；归口管理全市水利科技和水土保持工作；指导全市基层水务管理服务体系建设；负责城乡居民生活用水、工业用水的水源、供水、排水和污水治理、工程建设管理。参与城乡建设总体规划涉水项目的审查和市政公用事业发展规划涉水项目的审定；组织城乡供水技术的推广。

   （五）工程管理科
       负责全市河道、海堤、圩堤、涵闸、供水等水工程及其水域、岸线、河口、滩地、堆堤等管理、保护和开发利用；负责全市水工程技术管理和主要河道、海堤及水工程防洪安全的行业管理；拟定防汛岁修工程计划和防汛保安、抢险工程方案；负责市属重点工程的运行调度管理，负责冲淤保港、排咸引淡，改善堤东骨干河道水质工作；负责堤防、河道及沿海滩涂等范围内新建水工程项目的审查。

    另按有关规定设置纪检（监察）机构。